和泉市府中町内の泉井上神社に伝わる寺社改帳（現在で言うところの戸籍謄本）によると、妙源寺の歴史は享禄2年（1529年）まで遡ります。大永2年（1522年）に本是院日護上人によって、現在の肥子町で創建されたとの伝承も存在します。
寺社改帳には日護上人直筆の曼荼羅の記録もあり、また、本堂に安置されている三十番神像には、天文5年（1536年）に制作されたとの墨書がありました。
寛永12年（1635年）には過去帳に最も古い名が見え、天和2年（1682年）には本堂が建立されています。
当寺の府中村は江戸時代から町場化しており、周囲の村々とは異なり経済活動も盛んであったようです。そうした町場の檀信徒様方の支援によって、徐々に門や庫裏、釣鐘堂などが設置されていったことが記録に残っています。また、明治6年（1873年）には、堂内で「第77番小学校」が開かれ、それは現在の国府小学校へと繋がっています。
改築以前の本堂の外観（平成14年）
四百数十年の歴史を持つ妙源寺は、地域の人々によって建立され、支え続けられることによって、この地に存在し続けてきました。それは平成18年（2006年）の改築に際し、檀信徒様方からの多大なお力添えを頂いた現在に至るまで変わっていません。
変わり続ける歴史の中で、地域に根差した信仰を守り続けることを使命と考えるとともに、新たな仏教の在り方を模索し続けながら、妙源寺はこれからも歩みを続けます。
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